提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
解码“如今的福建”:开放大门越开越大******
中新网福州1月12日电 (记者 龙敏)2023年福建省政府工作报告显示,过去五年,福建地区生产总值连跨两个万亿元(人民币,下同)台阶,年均增长6.4%左右、居东部地区第一位;人均地区生产总值连跨四个万元台阶,突破12万元,跃升至全国第四位,是唯一所有设区市人均地区生产总值都超过全国平均水平的省份。
福建发展跑出了“加速度”。对此,福建省省长赵龙在正于福州召开的福建省十四届人大一次会议上表示,福建今天的发展和成绩得益于改革开放,未来的前途和希望也一定靠改革开放。
近五年来,福建改革不停顿,“放管服”、财税金融、国资国企、农村集体产权制度等领域改革取得突破性进展,三明医改经验在全国推广,集体林权制度改革成为全国标杆。
近五年来,福建开放不止步,进出口总额年均增长11%,66种商品出口规模居全国第一;新设外资企业超1万家,高技术产业吸收外资年均增长12%;自贸试验区推出146项全国首创举措,“丝路海运”等标志性工程影响力不断扩大,与“一带一路”沿线国家和地区经贸合作、人文交流更加紧密,新增国际友城23个。
“福建改革开放纵深推进,发展潜力空间得到新拓展。”赵龙表示,如今的福建,发展活力竞相迸发,开放大门越开越大。
面向未来五年,福建官方勾勒了打造“活力福建”的路线图:持续深化制度型开放,加快建设开放强省、贸易强省、引资大省;持续深化闽台融合发展,建好海峡两岸融合发展示范区,打造台胞台企登陆的第一家园;持续深化闽港闽澳合作,引侨资、聚侨力、汇侨智,吸引更多海外侨胞投身家乡建设。
福建省人大代表、九牧集团有限公司董事长林孝发认为,中国对新冠病毒感染正式实施“乙类乙管”,人员往来将更加密切;福建是制造业大省和外贸大省,要积极鼓励和推动闽企“走出去”,到国际市场上抢占商机。
外贸是福建经济发展的强引擎。当下,福建更大力度稳定和扩大出口,积极推动工贸结合,加强外贸产业链招商,培育外贸领域名企名牌名品,发展数字贸易,推动外贸稳规模、优结构;积极发展市场采购、跨境电商、海外仓等外贸新业态,协同推进服务业开放与服务贸易发展,推动“福品卖全球、全球买闽货”。
开放兴,则福建兴。福建也更大力度吸引和利用外资,深入实施外商投资准入负面清单,促进外资稳存量、扩增量;落实外资企业国民待遇,引进更多重大外资项目。
同时,福建将更大力度释放“21世纪海上丝绸之路”核心区、自由贸易试验区、国家自主创新示范区等“多区叠加”效应,深入实施“丝路海运”等工程和“丝路伙伴”计划,加快海丝中央法务区建设;加快与共建“一带一路”国家和地区产业对接,推动中印尼、中菲“两国双园”建设方案尽快获批;积极拓展与RCEP国家的近洋航线,提升“中欧班列”规模效益,推进“海丝”“陆丝”无缝对接、联动发展。
福建现有闽籍华侨华人1580多万人,居住在世界188个国家和地区。福建省人大代表、中国侨联常委陈玉树建议,以侨为桥,以侨引侨、以侨引外,深入推进福建高水平对外开放。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)